終わらせなければ、始まらない。／２０１３年―超高層ビル連続爆破事件により、世界は見えない恐怖に包まれた。／かつて、世界を数々の危機から救った９人の戦士、ゼロゼロナンバーサイボーグ。彼らは冷戦終結後の平和と引き換えに活躍の場を失い、それぞれの故国へと帰還していた。そのひとり、００９こと島村ジョーは、過去の記憶を封印され、高校生活を繰り返しながら、東京・六本木のマンションで来るべき日のために暮らしていた。新たな世界の危機を前に、各国のサイボーグ戦士たちに再び召集がかかり、彼らはイスタンブールのギルモア研究所へと急ぐ。だが、ヒーロー不在の時代、もはや正義の戦士は世界にとって歓迎される存在ではなかった。逆境の中、「人類をやり直す」という≪彼の声≫に立ち向かうゼロゼロナンバーサイボーグたち。戦争ビジネスに荷担する大国の思惑が引き金となり、事態は意外な方向へと向かう。果たして、真の敵はどこに潜むのか。記憶を封印されたジョーの不穏な行動。ギルモア博士の呼びかけに応じないジェット（００２）との確執。そして世界中で発見される天使の化石。様々な謎と想いが駆けめぐる中、島村ジョーは覚醒し、新たな時代の正義と対峙する！